Pérez, María Leticia y Castillo, José Gabino (Coords.), Cabildos eclesiásticos en Hispanoamérica:. ceremonias, símbolos, poder, Ciudad de México, IISUE, 2021.

Pérez, María Leticia, La Iglesia del rey. El Patronato Indiano y el libro: De la gobernación espiritual, Ciudad de México, UNAM-IISUE-ANÁHUAC, 2021.

Pérez, María Leticia, Guía para tesistas. Orientaciones para la presentación de trabajos de investigación histórica, Ciudad de México, IISUE-UNAM-FFyL-UNAM, 2021.

Casanova, Hugo, González, Enrique y Pérez, María Leticia (Coords.), Universidades de Iberoamérica: ayer y hoy, Ciudad de México, IISUE, 2019.

Pérez, María Leticia y Castillo, José Gabino (Coords.), Educación y prebenda. Investigaciones sobre la formación y las carreras del alto clero novohispano, Ciudad de México, IISUE, 2019.

Pérez, María Leticia, Los cimientos de la iglesia en la América española. Los seminarios conciliares. siglo XVI, Ciudad de México, IISUE, 2017.

Pérez, María Leticia y Castillo, José Gabino (Coords.), Poder y privilegio: Cabildos eclesiásticos en Nueva España, siglos XVI a XIX, Ciudad de México, IISUE, 2016.

Alvarado, María de Lourdes y Pérez, María Leticia (Coords.), Cátedras y catedráticos en la historia de las universidades e instituciones de educación superior en México. III. Problemática universitaria en el siglo XX, México, IISUE, 2010.

Alvarado, María de Lourdes y Pérez, María Leticia (Coords.), Cátedras y catedráticos en la historia de las universidades e instituciones de educación superior en México. II De la ilustración al liberalismo, México, IISUE, 2010.

Alvarado, María de Lourdes y Pérez, María Leticia (Coords.), Cátedras y catedráticos en la historia de las universidades e instituciones de educación superior en México. I. La educación colonial, México, IISUE, 2010.

Pérez, María Leticia, El concierto imposible. Los concilios provinciales en la disputa por las parroquias indígenas (México, 1555-1647), México, IISUE, 2010.

Pérez, María Leticia y Aguirre, Rodolfo (Coords.), Voces de la clerecía novohispana. Documentos históricos y reflexiones sobre el México colonial, México, IISUE, 2009.

Pérez, María Leticia y González, Enrique (Coords.), Permanencia y cambio II. Universidades hispánicas 1551-2001, México, CESU / Facultad de Derecho, 2006.

González, Enrique y Pérez, María Leticia (Coords.), Permanencia y cambio I. Universidades hispánicas 1551-2001, México, CESU / Facultad de Derecho, 2005.

Pérez, María Leticia, Tiempos de crisis, tiempos de consolidación. La catedral metropolitana de la ciudad de México, 1653-1680, México, CESU / El Colegio de Michoacán / Plaza y Valdés, 2005.

Pérez, María Leticia, Oropeza, Gabriela y Saldaña Solís, Marcela, Autos de las visitas del arzobispo fray Payo Enríquez a los conventos de monjas de la ciudad de México (1672-1675), México, CESU, 2005.

González, Enrique y Pérez, María Leticia (Coords.), Colegios y universidades I. Del antiguo régimen al liberalismo, México, CESU, 2001.

González, Enrique y Pérez, María Leticia (Coords.), Colegios y universidades II. Del antiguo régimen al liberalismo, México, CESU, 2001.

Pérez, María Leticia, Universidad de doctores. México, siglo XVII, México, CESU, 2000.

Pérez, María Leticia (Coord.), De maestros y discípulos. México. Siglos XVI-XIX, México, CESU, 1998.

María Leticia Pérez Puente, Educación y prebenda: investigaciones sobre la formación y las carreras del alto clero novohispano, México, IISUE-UNAM, 2019.

Leticia Pérez Puente, El concierto imposible. Los concilios provinciales en la disputa por las parroquias indígenas, México, 1555-1647, México, UNAM, Instituto de Investigaciones sobre la Universidad y la Educación, 2010.

Leticia Pérez Puente, "En una tierra inmensa y sin clérigos. La fundación del seminario del Tucumán, 1587-1611", en Secuencia, núm. 94, México, Instituto José María Luis Mora, 2016, pp. 6-38.

Leticia Pérez Puente, "Los seminarios tridentinos y la política eclesiástica de Felipe II. El caso de Charcas", en Estudios de Historia Novohispana, núm. 49, México, UNAM-Instituto de Investigaciones Históricas, 2013, pp. 3-38.

Leticia Pérez Puente, "Instrumentos del poder episcopal en Indias. Cuatro seminarios tridentinos del siglo XVI", en Relaciones. Estudios de Historia y Sociedad, vol. XXXIV, núm. 133, 2013, pp. 169-198.

Leticia Pérez Puente, "La fundación del seminario conciliar y el fortalecimiento de la jurisdicción episcopal, Lima 1564-1603", en Rodolfo Aguirre (coord.), Espacios de saber, espacios de poder. Iglesia, universidades y colegios en Hispanoamérica, siglos XVI-XIX, México, UNAM-Instituto de Investigaciones sobre la Universidad y la Educación, 2013, pp. 85-115.

Leticia Pérez Puente, "La política eclesiástica regia y los concilios provinciales en la disputa por las parroquias indígenas", en Andrés Lira, Alberto Carrillo Cázares y Claudia Ferrerira (coords.), Derecho, política y sociedad en Nueva España a la luz de del Tercer Concilio Provincial Mexicano (1585), México, El Colegio de México/El Colegio de Michoacán, 2013, pp. 387-410.

María Leticia Pérez Puente, "Carrera letrada y contrainsurgencia. La obra del rector José Julio Garcia de Torres, 1810-1821", en Mariano Peset (coord.), 1810. La insurgencia de América, vol. 1, Valencia, Universidad de Valencia, 2013, pp. 215-240.

Leticia Pérez Puente, "El cabildo y la universidad. Las primeras canonjías de oficio en México (1598-1616)", en Histórica, vol. XXXVI, núm. 1, Lima, Pontificia universidad católica del Perú, 2012, pp. 53-96.